Inštitucionálny systém EÚ je svetový unikát. Bol vytvorený na to, aby vznikla rovnováha medzi národnými a ,,európskymi" záujmami.
Európska rada vylaďuje vzájomné postoje členských štátov
Európska rada sa skladá z prezidentov a predsedov vlád štátov EÚ. Dvakrát ročne sa stretávajú na ,,európskych summitoch", kde prejednávajú, ako má Európska únia postupovať a riešia problémy, na ktorých riešeniach sa nebolo možné dohodnúť na nižších úrovniach. V čele je predsedajúca krajina - členské štáty sa striedajú v šesťmesačnom predsedníctve.

Predsedníctvo v Rade Európskej únie sa strieda v presne určenom poradí:
1998 prvý polrok - Veľká Británia
1998 druhý polrok - Rakúsko
1999 prvý polrok - Nemecko
1999 druhý polrok - Fínsko
2000 prvý polrok - Portugalsko
2000 druhý polrok - Francúzsko
2001 prvý polrok - Švédsko
2001 druhý polrok - Belgicko
2002 prvý polrok - Španielsko
2002 druhý polrok - Dánsko
2003 prvý polrok - Grécko
Európska komisia zastupuje Európu
Európska komisia sa skladá z dvadsiatich komisárov, ktorí majú k dispozícii štáb asi 16000 pracovníkov. Ich hlavná činnosť pozostáva z navrhovania európskej legislatívy, ktorú predkladá Rade ministrov a Európskemu parlamentu a z realizácie toho,
na čom sa tieto inštitúcie dohodnú (komisia nemôže sama schváliť vlastné návrhy). Komisia taktiež kontroluje, či hrajú členské
štáty podľa dohodnutých pravidiel.

Rada ministrov zastupuje národné vlády
Rada ministrov je ,,najvyšším" orgánom EÚ tvoriacim zákony - upravuje, schvaľuje alebo zamieta zákony navrhované Komisiou. Zákony nemôže navrhovať, to je vo výlučnej právomoci Komisie.
Rada ministrov stále častejšie rozhoduje kvalifikovanou väčšinou. To znamená, že je možné schváliť zákon, s ktorým nesúhlasia členské štáty, ktoré sú v menšine. V citlivých oblastiach (napr. rozšírenie) musí byť rozhodnutie schválené jednomyseľne, preto aj oveľa dlhšie trvá, kým sa dospeje k rozhodnutiu.
Podľa diskutovanej otázky sa Rada schádza ako ,,poľnohospodárska rada", ,,školská rada", ,,telekomunikačná rada", atď. a jej zasadania sa zúčastňujú príslušní rezortní ministri z jednotlivých členských štátov.
Kvalifikovaná väčšina
Na rozdiel od prostej väčšiny majú členské štáty na schválenie opatrení rozdielny počet hlasov podľa ich veľkosti. Na schválenie
je nevyhnutných 62 hlasov z celkového počtu 78 hlasov.
Rozdelenie hlasov:
Francúzsko, Nemecko, Taliansko, Veľká Británia po 10 hlasov, Španielsko 8 hlasov, Belgicko, Holandsko a Portugalsko po 5 hlasoch, Švédsko, Rakúsko po 4 hlasoch, Dánsko, Írsko, Fínsko po 3 hlasoch, Luxemburgsko 2 hlasy.
Európsky parlament zastupuje občanov
Európsky parlament má 626 členov zo všetkých členských štátov. Je nielen najväčším, ale aj najdôležitejším mnohonárodným parlamentným orgánom na svete. Členovia Európskeho parlamentu nie sú zoskupení podľa národnosti, ale podľa politických strán. Najsilnejšími sú skupiny Európskej ľudovej strany a Európskej socialistickej strany. Členovia sú volení na 5 rokov a niektorí nesúhlasia s členstvom svojho štátu v EÚ.
Úlohou Európskeho parlamentu je zúčastniť sa na schvaľovaní návrhov Komisie, predkladať pozmeňovacie návrhy a vyjednávať s Radou ministrov o obsahu konečného textu. Počas rokov sa zmenili Zmluvy a význam názoru Parlamentu rastie.

Počet členov Európskeho parlamentu:
Nemecko 99, Francúzsko, Taliansko, Veľká Británia 87, Španielsko 64,Holandsko 31, Belgicko, Porugalsko, Grécko
25, Švédsko 22, Rakúsko 21, Dánsko, Fínsko 16, Írsko 15, Luxemburgsko 6.
Európsky súdny dvor zastupuje zákon
Pravidlá sa dajú vysvetlovať rozličnými spôsobmi. Keďže však ,,zákony" Európskej únie musia byť uplatňované vo všetkých členských štátoch rovnako, bolo prirodzené poveriť orgán, ktorý stojí nad záujmami jednotlivých členských štátov, úlohou tieto zákony správne podávať. Na tento účel bol vytvorený Európsky súdny dvor so sídlom v Luxemburgu. Každý členský štát je zastúpený jedným sudcom. Súdnemu dvoru pomáhajú súdy prvej inštancie.
Sudcov Európskeho súdneho dvora menujú členské štáty na 6 rokov. Kandidáti musia mať nevyhnutné znalosti a skúsenosti.
Súdny dvor hrá dôležitú úlohu pri výklade nejasných alebo nerozhodnutých aspektov komunitárneho práva. Napr.
Súdny dvor vždy rozhodol, že komunitárne právo nemôže byť nikdy napadnuté z pozície medzinárodného práva.
Európsky účtovný dvor
EÚ je financovaná z peňazí daňových poplatníkov. Daňoví poplatníci majú právo vedieť, či sú ich peniaze vynakladané dobre.
Členovia Účtovného dvora sú nezávislí na členských štátoch, ktoré ich menovali. Jednajú ,,v európskom záujme", tak ako Európsky súdny dvor a Komisia.
Dvor, v ktorom je každý členský štát reprezentovaný jedným členom, kontroluje účtovníctvo Komisie a vydáva výročnú správu.
V prípade potreby vydáva taktiež svoje názory ku konkrétnym otázkam.
Európska investičná banka
Zodpovedá za vyvážený rozvoj bankovej a finančnej sféry únie. Európska investičná banka spravuje ročný objem kreditov vo výške 20 miliárd euro, čím sa stala najväčšou finančnou inštitúciou sveta.
Európsky ombudsman
Je zodpovedný za sprostredkovanie kontaktu medzi občanmi únie a riadiacimi orgánmi. Vyšetruje sťažnosti občanov EÚ na rozhodnutia a konania orgánov, pričom má právomoci vyžiadať si podklady a dôkazy k rozhodnutiam orgánov únie.